അണുക്കള് മൂലം രോഗം ഉണ്ടാകുമെന്ന് പ്രകൃതിചികിത്സ വിശ്വസിക്കുന്നില്ല. എന്നാല്, ശരീരത്തിലെ മാലിന്യങ്ങളില് ഇവ പെറ്റുപെരുകുന്നുണ്ട്. ആരോഗ്യമുള്ള ഒരു ശരീരത്തില് ഈ അണുക്കള്ക്ക് പെറ്റുപെരുകാന് സാധിക്കുകയില്ല. ശരീരത്തിലെ ആന്റിബോഡികള് ഈ അണുക്കളെ നശിപ്പിക്കുന്നതാണ് കാരണം.
പ്രകൃതി ചികിത്സയില് അണുക്കളെ കൊല്ലുന്നതിന് പകരം ശരീരത്തിന് ആരോഗ്യം പ്രദാനം ചെയ്യാനാണ് ശ്രമിക്കുന്നത്. ശുദ്ധമായ രക്തം ശരീരത്തില് ഉണ്ടാകാനും കോശങ്ങളെ ശുദ്ധമാക്കാനും ആണ് പ്രകൃതിചികിത്സ ശ്രമിക്കുന്നത്.
ശരീരം ആരോഗ്യമുള്ളതായി നിലനിര്ത്താന് വ്യായാമം പ്രകൃതി ചികിത്സ നിര്ദ്ദേശിക്കുന്നു. ഇത് ശരീര കലകളില് നിന്നും വിഷാംശങ്ങള് പുറന്തള്ളാന് സഹായിക്കുന്നു.വ്യായാമം ചെയ്യുന്നതിലൂടെ കൂടുതല് പ്രാണവായു ശരീരത്തിലേക്ക് പ്രവേശിക്കുകയും രക്തചംക്രമണം കൂടുകയും ചെയ്യുന്നു. യോഗാഭ്യാസവും ഗുണകരമാണ്.