മഹാഭാരത കഥയുമായി ബന്ധപ്പെട്ടാണ് ശിവാലയഓട്ടത്തിനുപിന്നിലുള്ള ഐതിഹ്യം നിലനില്‍ക്കുന്നത്. ധര്‍മ്മപുത്രന്‍ നടത്തിയ യാഗത്തില്‍ പങ്കെടുക്കുവാന്‍ ശ്രീകൃഷ്ണന്റെ നിര്‍ദ്ദേശപ്രകാരം വ്യാഘ്രപാദമുനിയെ കൂട്ടിക്കൊണ്ടുവരുവാന്‍ ഭീമസേനന്‍ പോയി. കടുത്ത ശിവഭക്തനായ വ്യാഘ്രപാദന്‍ തന്റെ തപസ്സിളക്കിയ ഭീമനെ ആട്ടിപ്പായിച്ചു. ശ്രീകൃഷ്ണന്‍ നല്‍കിയ 12 രുദ്രാക്ഷങ്ങളുമായി ഭീമന്‍ വീണ്ടും തിരുമലയില്‍ തപസ്സനുഷ്ഠിക്കുകയായിരുന്ന വ്യാഘ്രപാദനു സമീപമെത്തി. മുനി കോപിതനായി ഭീമനുനേരെ തിരിയുകയും ഭീമന്‍ പിന്തിരിഞ്ഞ് ഗോവിന്ദാ... ഗോപാലാ....... എന്നു വിളിച്ച് ഓടന്‍ തുടങ്ങുകയും ചെയ്തു. മുനി ഭീമന്റെ സമീപമെത്തുമ്പോള്‍ ഭീമന്‍ അവിടെ ഒരു രുദ്രാക്ഷം നിക്ഷേപിക്കും.

അപ്പോള്‍ അവിടെ ഒരു ശിവലിംഗം ഉയര്‍ന്നുവരികയും ചെയ്യും. മുനി അവിടെ പൂജ നടത്തുമ്പോള്‍ ഭീമന്‍ മുനിയെ വീണ്ടും യാഗത്തിനു പോകാന്‍ പ്രേരിപ്പിക്കാന്‍ ശ്രമിക്കും. മുനി വീണ്ടും ഭീമന്റെ പുറകേ പോകുമ്പോള്‍ ഭീമന്‍ വീണ്ടും വീണ്ടും രുദ്രാക്ഷങ്ങള്‍ നിക്ഷേപിക്കുകയും ചെയ്യും. അങ്ങനെ 11 രുദ്രാക്ഷങ്ങളും നിക്ഷേപിക്കുകയും ശിവലിംഗങ്ങള്‍ ഉയര്‍ന്നു വരികയും ചെയ്തു. ഒടുവില്‍ 12-ആമത്തെ രുദ്രാക്ഷം നിക്ഷേപിച്ച സ്ഥലത്ത് ശ്രീകൃഷ്ണന്‍ പ്രത്യക്ഷപ്പെട്ട് വ്യാഘ്രപാദന് ശിവനായും ഭീമന് വിഷ്ണുവായും ദര്‍ശനം നല്‍കുകയും ചെയ്തു. അങ്ങനെ ഇരുവര്‍ക്കും ശിവനും വിഷ്ണുവും ഒന്നെന്ന് വ്യക്തമായി. അദ്ദേഹം പിന്നീട് ധര്‍മ്മപുത്രന്റെ യാഗത്തില്‍ പങ്കുകൊണ്ടു. ഭീമന്‍ രുദ്രാക്ഷം നിക്ഷേപിച്ചതിന്റെ ഫലമായി സ്ഥാപിതമായ 12 ശിവക്ഷേത്രങ്ങളിലാണ് ശിവാലയ ഓട്ടം നടക്കുന്നത്