എന്നാല്‍ ബി ജെ പിയുമായുണ്ടായ അഭിപ്രായ ഭിന്നതയെത്തുടര്‍ന്ന് അവര്‍ 2001ല്‍ സര്ക്കാര് വിടുകയും കോണ്‍ഗ്രസുമായി സഖ്യമുണ്ടാക്കുകയും ചെയ്തു. 2004ല്‍ എന്‍ ഡി എയില്‍ മടങ്ങിയെത്തിയ അവര്‍ കല്‍ക്കരി, ഖനിവകുപ്പ് മന്ത്രിയായി നിയമിക്കപ്പെട്ടു. എന്നാല്‍, 2006 ല്‍ നടന്ന അസംബ്ലി തെരഞ്ഞെടുപ്പില്‍ പകുതിയിലധികം സിറ്റിംഗ് എം എല്‍ എമാരെ നഷ്‌ടപ്പെട്ടത് മമതയ്ക്ക് കനത്ത തിരിച്ചടിയായിരുന്നു.
2006 ല്‍ ബംഗാളിലെ സിംഗൂരില്‍ ടാറ്റയുടെ നാനൊ കാര്‍ പദ്ധതി വരുന്നതിനെ എതിര്‍ത്ത് തോല്‍‌പ്പിക്കാന്‍ കഴിഞ്ഞത് മമതയുടെ മനസ്സാന്നിധ്യം കൊണ്ട് മാത്രമായിരുന്നു. അതിനു പുറമേ, 2007 ല്‍ ഇന്തോനേഷ്യയിലെ സലീം ഗ്രൂപ്പിന് പ്രത്യേക സാമ്പത്തിക മേഖലയുടെ കീഴില്‍ കെമിക്കല്‍ ഹബ് തുടങ്ങുന്നതിനായി 100000 ഏക്കര്‍ കൃഷിഭൂമി കര്‍ഷകരില്‍ നിന്നും പിടിച്ചു നല്‍കാന്‍ ബംഗാള്‍ സര്ക്കാര് തീരുമാനിച്ചു. അതിനെതിരെ അവര്‍ തുടങ്ങിയ സമരത്തെ സര്ക്കാര് പോലീസും പട്ടാളവും ഉപയോഗിച്ച് നേരിട്ടു. എങ്കിലും അന്തിമ വിജയം മമതയ്ക്കൊപ്പമായിരുന്നു. പക്ഷേ, ആ പോരാട്ടത്തില്‍ 14 കര്‍ഷകരുടെ ജീവന്‍ നഷ്‌ടപ്പെട്ടത് മമതയുടെ വേദനയായി മാറി.
രാ‍ഷ്‌ട്രീയത്തില്‍ മാത്രമല്ല മമത തന്‍റെ കഴിവ് തെളിയിച്ചത്. സംഗീതത്തിലും, എഴുത്തിലും, ചിത്രരചനയിലും അവര്‍ക്ക് ജന്‍‌മവാസനയുണ്ടായിരുന്നു. രാഷ്‌ട്രീയ തിരക്കിനിടയിലും തനിക്ക് കിട്ടിയ ജന്‍‌മവാസനകളെ പാതിവഴിക്ക് ഉപേക്ഷിക്കാന്‍ അവര്‍ തയ്യാറായില്ല. മമതയുടെ അയ്യായിരത്തിലധികം പെയിന്‍റിഗുകള്‍ വിവിധ എക്‌സിബിഷനുകളിലായി പ്രദര്‍ശിപ്പിച്ചിട്ടുണ്ട്. പെയിന്‍റിംഗുകള്‍ വിറ്റു ലഭിച്ച വരുമാനം മുഴുവനും അവര്‍ ഉദാരപ്രവര്‍ത്തനങ്ങള്‍ക്കാ‍യിട്ടാണ് മാറ്റിവെച്ചത്.
