പാര്‍ലിമെന്‍റേറിയന്‍ ആയിരിക്കുന്ന അവസരത്തിലും നിരവധി പാര്‍ലിമെന്‍ററി സമിതികളില്‍ അംഗമായിരുന്നു മമത. 1991ലെ നരസിംഹറാവു സര്‍ക്കാരില്‍ യുവജനകാര്യ, കായിക, വനിത ഉന്നമന വകുപ്പ് സഹമന്ത്രിയായി മമത നിയമിക്കപ്പെട്ടു.
കോണ്‍ഗ്രസുമായുണ്ടായ ആശയ ഭിന്നതയുടെ പേരില്‍ 1997ല്‍ കോണ്ഗ്രസ് വിട്ട മമത തൃണമൂല് കോണ്ഗ്രസ് എന്ന പേരില്‍ സ്വന്തം പാര്‍ട്ടി രൂപീകരിച്ചു. 1998 ജനുവരി ഒന്നിനാണ് മമത ബാനര്‍ജിയുടെ നേതൃത്വത്തില്‍ തൃണമൂല് കോണ്ഗ്രസ് നിലവില്‍ വരുന്നത്. വളരെ പെട്ടെന്നുതന്നെ ബംഗാളിലെ കമ്യൂണിസ്റ്റ് സര്‍ക്കാരിന്‍റെ ശക്തമായ പ്രതിപക്ഷമാവാന്‍ തൃണമൂല് കോണ്‍ഗ്രസിന് സാധിച്ചു.
1998 ലും 1999ലും കൊല്‍ക്കത്ത സൌത്തില്‍ നിന്നും അവര്‍ ലോക്സഭയിലേക്ക് വീണ്ടും തെരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടു. 1999ല്‍ അടല്‍ ബിഹാരി വാജ്‌പേയിയുടെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള ദേശീയ ജനാധിപത്യ സര്‍ക്കാര്‍ അധികാരത്തില്‍ വന്നപ്പോള്‍ റെയില്‍ മന്ത്രിയായിരുന്നു മമത. 2000 ത്തിലാണ് മമത ആദ്യ റെയില്‍ ബജറ്റ് പാര്‍ലമെന്‍റില്‍ അവതരിപ്പിച്ചത്. റെയില്‍ ബജറ്റുകളുടെ ചരിത്രത്തില്‍ തിളക്കമുള്ള ബജറ്റുകളൊന്നാ‍യിരുന്നു മമതയുടെ കന്നി ബജറ്റ്.
മാതൃസംസ്ഥാനമായ പശ്ചിമ ബംഗാളിന് വാഗ്ദാനം ചെയ്തതെല്ലാം നല്‍കാന്‍ മമത ബജറ്റില്‍ പ്രത്യേകം ശ്രദ്ധിച്ചിരുന്നു. ഏഷ്യന്‍ രാജ്യങ്ങള്‍ തമ്മില്‍ ട്രെയിന്‍ ഗതാഗതം കൊണ്ടുവരുന്നതിന് ഇന്ത്യ മുന്‍കൈയ്യെടുക്കണമെന്ന് അവര്‍ ബജറ്റില്‍ ആവശ്യപ്പെട്ടു.
