രണ്ടാം പിണറായി വിജയന്‍ മന്ത്രിസഭയില്‍ കെ.കെ.ശൈലജയെ ഉള്‍പ്പെടുത്താത്തതില്‍ നയം വ്യക്തമാക്കി പാര്‍ട്ടി. സിപിഎമ്മിന്റെ നയവും നിലപാടുമാണ് ഇങ്ങനെയൊരു തീരുമാനത്തിനു പിന്നിലെന്നും പാര്‍ട്ടി തീരുമാനത്തില്‍ മാറ്റമില്ലെന്നും ആക്ടിങ് സെക്രട്ടറി എ.വിജയരാഘവന്‍ വ്യക്തമാക്കി.

2016 ല്‍ ഒന്നാം പിണറായി സര്‍ക്കാര്‍ അധികാരത്തിലെത്തുമ്പോള്‍ കെ.കെ.ശൈലജ ആരോഗ്യമന്ത്രിയായി സ്ഥാനമേറ്റു. ആദ്യമായാണ് ശൈലജ മന്ത്രിയായത്. അന്ന് ആരോഗ്യവകുപ്പ് വേണ്ട എന്നായിരുന്നു ശൈലജയുടെ നിലപാട്. സിപിഎം സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറിയായിരുന്ന കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണനെ കണ്ട് തനിക്ക് ആരോഗ്യവകുപ്പ് വേണ്ട എന്ന് ശൈലജ പറഞ്ഞു. ഭരണപരിചയം ഇല്ലെന്നും പ്രശ്‌നങ്ങളുള്ള ആരോഗ്യവകുപ്പിന് പകരം മറ്റേതെങ്കിലും ചെറിയ വകുപ്പ് മതിയെന്നും ശൈലജ ആവശ്യപ്പെടുകയായിരുന്നു. എന്നാല്‍, കോടിയേരി സമ്മതിച്ചില്ല. കോടിയേരി കരുത്ത് പകര്‍ന്നു. അങ്ങനെയാണ് ശൈലജ ടീച്ചര്‍ ആരോഗ്യമന്ത്രി സ്ഥാനത്തേയ്ക്ക് എത്തിയത്.