പതിമൂന്ന് ദിവസം മാത്രം ആയുസ്സുണ്ടായിരുന്ന 1996 ലെ വാജ്പേയി സര്ക്കാറില് പ്രതിരോധ മന്ത്രിയായി നിയോഗിക്കപ്പെട്ടതോടെ മഹാജന് പാര്ട്ടി നല്കുന്ന പരിഗണന വെളിപ്പെടുകയായിരുന്നു.
പാര്ട്ടി നയതന്ത്രജ്ഞന്, കേന്ദ്രമന്ത്രി, എം.പി. എന്നീ നിലകളില് തിളങ്ങിയ മഹാജന് മഹാരാഷ്ട്രയില് ഏറെ വിജയിച്ച ബി.ജെ.പി - ശി വസേന രാഷ്ട്രീയ കൂട്ടുകെട്ടിന്റെ ശില്പ്പികളില് പ്രമുഖനായിരുന്നു.
കൂട്ടുകെട്ടുകള് ഉണ്ടാക്കാന് വിദഗ്ധന് എന്ന നിലയില് ബി.ജെ.പി വിശ്വാസമര്പ്പിച്ച മഹാജന്റെ നേതൃത്വത്തിലാണ് ഒറീസയിലെ ബിജു ജനതാദളുമായും തമിഴ്നാട്ടിലെ എ.ഐ.എ.ഡി.എം.കെയുമായും ബി.ജെ.പിയുടെ കൂട്ടുകെട്ടുകള് പിറന്നത്. ഇതാവട്ടെ ദേശീയരാഷ്ട്രീയ ത്തില് ശക്തമായ തിരിച്ചുവരവ് നടത്തി കേന്ദ്രഭരണത്തിന് ബി.ജെ.പിയെ പ്രാപ്തമാക്കി.
"ചെറിയ കൂട്ടുകെട്ടുകള് തെരഞ്ഞെടുപ്പിന് ശേഷം അതിന്റെ ഫലം തെളിയിക്കും.' എന്ന മഹാജന്റെ വാക്കുകള് സത്യമായതോടെ ബി.ജെ.പിയിലെ മൂന്നാമന് എന്ന തലത്തിലേക്ക് മഹാജന് നടന്നടുക്കുകയായിരുന്നു.