മുകുന്ദന്റെ അഭിപ്രായങ്ങള് വലിയ പ്രാധാന്യത്തോടെ തന്നെ മാസിക പ്രസിദ്ധീകരിക്കുകയും ചെയ്തു. അഭിമുഖം വിവാദമായതോടെ മുകുന്ദന് പ്രതിരോധത്തിലായി. പുണ്യവാളന് എന്ന പ്രയോഗം തന്റേതല്ലെന്നും അത് അഭിമുഖകാരന് സൃഷ്ടിച്ചതാണെന്നും മുകുന്ദന് മാധ്യമ പ്രവര്ത്തകരോട് വെളിപ്പെടുത്തി. പക്ഷെ മുകുന്ദനെതിരെ ശക്തമായ പ്രതിഷേധം പല മേഖലകളില് നിന്നുമുണ്ടായി. പലയിടത്തും പാര്ട്ടിപ്രവര്ത്തകര് മുകുന്ദന്റെ കോലം കത്തിച്ചു. മുകുന്ദന്റെ അഭിപ്രായങ്ങളെ സാംസ്കാരിക മന്ത്രി എം.എ. ബേബി ദൌര്ഭാഗ്യകരം എന്നാണ് വിശേഷിപ്പിച്ചത്. വിവാദം കൊഴുത്തതോടെ മുകുന്ദന് രാജി സന്നദ്ധത പ്രകടിപ്പിച്ചുവെങ്കിലും സ്വീകരിക്കാന് സര്ക്കാര് തയ്യാറായില്ല.
തുടര്ന്ന് മാതൃഭൂമി ആഴ്ചപ്പതിപ്പില്, മുകുന്ദന് അഭിമുഖത്തിലെ അഭിപ്രായങ്ങളെയും തന്റെ നിലപാടുകളെയും വ്യക്തമാക്കിക്കൊണ്ട് ഒരു ലേഖനം എഴുതിയിരുന്നു. ജനങ്ങളുടെ നേതാവായി അച്യുതാനന്ദനെ മുകുന്ദന് ഇതില് പ്രകീര്ത്തിക്കുന്നു. പക്ഷെ, ഭാഷയിലെ ആന്തരികാര്ത്ഥങ്ങള് പച്ചക്കുതിരയിലെ അഭിപ്രായങ്ങള് അടിവരയിടും പോലെ വായനക്കാര്ക്ക് തോന്നി എന്നതാണ് യാഥാര്ഥ്യം. എന്തായാലും ഇപ്പോള് സംഗതികള് ഏറെ ആറിത്തണുത്ത മട്ടാണ്.