ക്ഷേത്രവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് പ്രധാനമായും രണ്ട് ഐതീഹ്യങ്ങളുണ്ട്. അത്രി മഹര്‍ഷിയുടെ ഭാര്യ അനസൂയയുടെ പാതിവ്രത്യവുമായി ബന്ധപ്പെട്ടതാണിതില്‍ പ്രധാനം. ദേവന്‍മാരുടെ രാജാവായ ഇന്ദ്രനുമായും ശുചീന്ദ്രത്തെ ബന്ധപ്പെടുത്തി ഐതിഹ്യമുണ്ട്.
അത്രി മഹര്‍ഷിയുടെ വാസകേന്ദ്രമായിരുന്നു പണ്ട് ജ്ഞാനാരണ്യം എന്നറിയപ്പെട്ടിരുന്ന ഈ സ്ഥലം. ഭര്‍ത്താവിനെ ദൈവമായി കണ്ട് ആരാധിച്ചിരുന്ന അനസൂയമൊത്ത് അത്രി മഹര്‍ഷി കഴിയുമ്പോഴുണ്ടായ ഒരു സംഭവമാണ് ക്ഷേത്രോല്‍പ്പത്തിയ്ക്ക് കാരണമായി പറയുന്നത്. ഒരിക്കല്‍ അവിടെ മഴ പെയ്യാതായി. അതിന്‍റെ കാരണമന്വേഷിച്ച് തപസനുഷ്ഠിച്ച മഹര്‍ഷിയ്ക്ക് ഉത്തരം നല്‍കാന്‍ ത്രിമൂര്‍ത്തികള്‍ക്കുപോലുമായില്ല.
പിന്നീട് ദേവേന്ദ്രനെ പ്രീതിപ്പെടുത്തി മഴ പെയ്യിക്കാനായി അത്രി മഹര്‍ഷി ഹിമാലയത്തിലേയ്ക്ക് പോയി. അനസൂയ ജ്ഞാനാരണ്യത്തില്‍ ഒറ്റയ്ക്കാണെന്ന ചിന്ത മഹര്‍ഷിയെ ആദ്യമതിന് സമ്മതിച്ചില്ല. എന്നാല്‍ മഹര്‍ഷിയുടെ ധര്‍മ്മസങ്കടം മനസ്സിലാക്കിയ ദേവി ഭര്‍ത്താവിനോട് ലോകനന്മയ്ക്കായി ഹിമാലയത്തില്‍ പോകാന്‍ അപേക്ഷിച്ചു. മഹര്‍ഷി യാത്രയാകും മുമ്പ് അദ്ദേഹത്തിന്‍റെ കാല് കഴുകിയ വെള്ളമെടുത്ത് അനസൂയ സൂക്ഷിച്ചു. ഭര്‍ത്താവിന്‍റെ അഭാവത്തില്‍ തനിയ്ക്കിത് ശക്തി നല്‍കുമെന്നും അവര്‍ വിശ്വസിച്ചു.
ഭര്‍ത്താവിന്‍റെ അഭാവത്തിലും അദ്ദേഹത്തിനായി പൂജകളും പ്രാര്‍ഥനകളുമായിക്കഴിഞ്ഞ അനസൂയയുടെ കഥ ദേവ മഹര്‍ഷി നാരദന്‍ വഴി മൂന്ന് ദേവിമാരുടെ (ലക്ഷ്മി, സരസ്വതി, പാര്‍വ്വതി) ചെവിയിലുമെത്തി. അനസൂയയുടെ ഭര്‍ത്താവിനോടുള്ള ഭക്തിയും ആത്മവിശ്വാസവും അറിഞ്ഞ ദേവിമാര്‍ അവരെ പരീക്ഷിയ്ക്കാന്‍ തീരുമാനിച്ചു. ഇതിനായി മൂവരും അവരുടെ ഭര്‍ത്താക്കന്‍മാരെ അനസൂയയുടെ അടുത്തേക്ക് അയക്കാന്‍ തീരുമാനിച്ചു.
തുടര്‍ന്ന് ദേവിമാരുടെ വാക്കു കേട്ട് ത്രിമൂര്‍ത്തികളായ വിഷ്ണുവും ശിവനും ബ്രഹ്മാവും അനസൂയയുടെ അടുത്തെത്തി. സന്യാസിമാരുടെ വേഷത്തിലെത്തിയ ഇവര്‍ അനസൂയയോടെ ഭിക്ഷചോദിച്ചു. അനസൂയ അതിന് തയ്യാറായെത്തിയപ്പോള്‍ മൂവരും ഒരു കാര്യം കൂടി അവരോട് പറഞ്ഞു.
വിവസ്ത്രയായി വേണം ഞങ്ങള്‍ക്ക് ഭിക്ഷയും ആഹാരവും തരാന്‍. ഇതുകേട്ട അനസൂയ ഒരു നിമിഷം തന്‍റെ ഭര്‍ത്താവിന്‍റെ പാദ പൂജ ചെയ്ത ജലത്തില്‍ നോക്കി പ്രാര്‍ഥിച്ചു. നിമിഷനേരം കൊണ്ട് സന്യാസിമാരുടെ വേഷത്തിലെത്തിയ ത്രിമൂര്‍ത്തികള്‍ കൈക്കുഞ്ഞുങ്ങളായി മാറി. പിന്നീട് അനസൂയ വിവസ്ത്രയായി ആ കൈക്കുഞ്ഞുങ്ങളെ പരിചരിച്ചു.
ഇതറിഞ്ഞ് അവിടെയെത്തിയ ദേവിമാര്‍ ഭര്‍ത്താക്കാന്മാരെ പഴയ രൂപത്തില്‍ തിരിച്ചു നല്‍കണമെന്ന് അനസൂയ ദേവിയോട് അപേക്ഷിച്ചു. അനസൂയദേവിയുടെ സ്വഭാവ ശുദ്ധിയെ സംശയിച്ച അവരുടെ പ്രവര്‍ത്തിയില്‍ അവര്‍ ക്ഷമ ചോദിച്ചു. പിന്നീട് അനസൂയ ദേവി ത്രിമൂര്‍ത്തികളെ പഴയ രൂപത്തില്‍ ദേവിമാര്‍ക്ക് തിരിച്ചു നല്‍കി.
അങ്ങനെ ശുചീന്ദ്രത്ത് ത്രിമൂര്‍ത്തികളുടെ സാന്നിദ്ധ്യമുണ്ടെന്നാണ് വിശ്വാസം. ക്ഷേത്രത്തിലെ പ്രതിഷ്ഠയില്‍ മുകള്‍ ഭാഗം ശിവനേയും, നടു ഭാഗം വിഷ്ണുവിനേയും താഴ്ഭാഗം ബ്രഹ്മാവിനെയും പ്രതിനിധാനം ചെയ്യുന്നുവെന്നാണ് വിശ്വാസം.
