2001 സെപ്തംബര്‍ 21ന് സുപ്രീംകോടതി ജയലളിതയുടെ നിയമനം റദ്ദാക്കി. ക്രിമിനല്‍ കേസില്‍ രണ്ട് വര്‍ഷത്തില്‍ കൂടുതല്‍ തടവ് ശിക്ഷയ്ക്ക് വിധിക്കപ്പെട്ട ഒരാളെ മുഖ്യമന്ത്രിയാക്കാന്‍ കഴിയില്ലെന്നായിരുന്നു സുപ്രീംകോടതി വിലയിരുത്തിയത്.
കോടതി വിധിയെ തുടര്‍ന്ന് ജയലളിതയുടെ മുഖ്യമന്ത്രി നിയമനം അസാധുവായി. 2001 മെയ് 14 മുതല്‍ സെപ്തംബര്‍ 21 വരെ ഒ പനീര്‍സെല്‍വത്തിനായിരുന്നു മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ ചുമതല. എങ്കിലും ഭരണത്തിന്‍റെ പൂര്‍ണ്ണ നിയന്ത്രണം ജയലളിതയുടെ കൈകളില്‍ തന്നെയായിരുന്നു. വ്യക്തമായ തെളിവുകളുടെ അഭാവത്തില്‍ 2003ല്‍ സുപ്രീംകോടതി ജയലളിതയെ വെറുതെ വിട്ടു. തുടര്‍ന്ന് ആണ്ടിപ്പെട്ടി മണ്ഡലത്തില്‍ നിന്ന് വിജയിച്ച അവര്‍ വീണ്ടും മുഖ്യമന്ത്രി സ്ഥാനം ഏറ്റെടുത്തു.
2006ലെ നിയമസഭ തെരഞ്ഞെടുപ്പില്‍ എ ഐ എ ഡി എം കെയ്ക്ക് ഭരണം നഷ്ടമായി. ഡിഎംകെയോടുള്ള ശക്തമായ പ്രതിഷേധത്തിന്‍റെ ഭാഗമായി അവശ്യസമയത്തൊഴികെ മറ്റൊരു സാഹചര്യത്തിലും സഭയില്‍ പോകേണ്ടതില്ലെന്ന് അവര്‍ തീരുമാനിച്ചു. പനീര്‍സെല്‍വത്തെ പ്രതിപക്ഷ നേതാവായി അവര്‍ തെരഞ്ഞെടുത്തു. എങ്കിലും പാര്‍ട്ടിയുടെ എല്ലാ നീക്കങ്ങള്‍ക്കും ചരടു വലിച്ചത് ജയലളിത തന്നെയായിരുന്നു. എന്നാല്‍ പിന്നീട് അവര്‍ തീരുമാനം പിന്‍വലിക്കുകയും സഭയില്‍ പ്രതിപക്ഷത്തിന്‍റെ നേതൃത്വം ഏറ്റെടുക്കുകയും ചെയ്തു.
മുഖ്യമന്ത്രി എന്ന നിലയില്‍ ഭേദപ്പെട്ട പ്രകടനമാണ് ജയലളിത കാഴ്ചവച്ചത്. സ്വകാര്യ വായ്പയ്ക്കുണ്ടായിരുന്ന ഉയര്‍ന്ന പലിശ നിരക്ക് അവര്‍ ഇല്ലാതാക്കി. ചെന്നൈ നഗരത്തില്‍ പുതിയ ജലവിതരണ പദ്ധതി നടപ്പാക്കി. മിതവിനിയോഗം പ്രോല്‍സാഹിപ്പിക്കാന്‍ ലോട്ടറി ടിക്കറ്റ് നിരോധിച്ചു. കാട്ടുകൊള്ളക്കാരന്‍ വീരപ്പനെ പിടികൂടാ‍ന്‍ ശക്തമായ നടപടികളാണ് അവര്‍ സ്വീകരിച്ചത്.
