പന്ത്രണ്ടാം നൂറ്റാണ്ടിന്െറ ആദ്യശതകം വരെ കണ്ണൂരും പരിസരപ്രദേശങ്ങളും ചേരരാജവംശത്തിനു കീഴിലായിരുന്നു. 1102 ല് ഇപ്പോള് കണ്ണൂരെന്ന് അറിയപ്പെടുന്ന ഭൂവിഭാഗം കോലത്തിരി രാജവംശത്തിന്െറ അധീനത്തിലായി. പതിനാലാം നൂറ്റാണ്ടോടെ കണ്ണൂരിന് തെക്ക് കോഴിക്കോട് ആസ്ഥാനമാക്കി സാമൂതിരി രാജവംശം രൂപം കൊള്ളുകയും , ക്രമേണ അവര് കോലത്തിരി രാജവംശത്തിന് ഭീഷണിയാവുകയും ചെയ്തു.
ഈ രാജവംശങ്ങള്ക്കിടയിലുണ്ടായിരുന്ന സംഘര്ഷം മുതലെടുത്ത് പോര്ച്ചുഗീസുകാര് വടക്കന് കേരളത്തില് നുഴഞ്ഞുകയറി. പോര്ച്ചുഗീസുകാരുടെ നുഴഞ്ഞുകയറ്റം കോലത്തിരി-സാമൂതിരി രാജാക്കന്മാരെ അടുപ്പിക്കുകയും, ഈ പുതിയ കൂട്ടായ്മക്കു മുന്പില് പിടിച്ചു നില്ക്കാനാവാതെ പോര്ച്ചുഗീസുകാര് പരാജയം സമ്മതിക്കുകയും ചെയ്തു. പതിനെട്ടാം നൂറ്റാണ്ടിന്െറ അന്ത്യത്തിലാണ് ബ്രിട്ടീഷുകാര് വടക്കന് കേരളത്തില് കാലുകുത്തുന്നത്. വളരെ വേഗത്തില് തന്നെ കണ്ണൂരും പരിസരപ്രദേശങ്ങളും അവരുടെ അധീനതയിലായി.
പത്തൊന്പതാം നൂറ്റാണ്ടിന്െറ ആദ്യശതകത്തില് പഴശ്ശിരാജയുടെ സൈനീക നേതൃത്വത്തില് കണ്ണൂര് ഒരു തിരിച്ചുവരവിനൊരുങ്ങിയെങ്കിലും ആ ശ്രമം ഈസ്റ്റിന്ത്യാ കന്പനി പരാജയപ്പെടുത്തുകയാണുണ്ടായത്.
സ്വാതന്ത്ര്യം ലഭിച്ചതിനുശേഷം മദ്രാസ് പ്രവിശ്യയുടെ കീഴിലായിരുന്ന കണ്ണൂര് ഒരു പൂര്ണ്ണ ജില്ലയായി മാറുന്നത് 1956-ല് ഐക്യകേരളം രൂപപ്പെട്ടതോടെയാണ്.