1996 ജനുലവരി 12ന് സി.ബി.ഐയുടെ ചെന്നൈ ബ്രാഞ്ച് ഏറ്റെടുത്ത കേസില്‍ ഇന്‍സ്പെക്ടര്‍ ബാബു ഗൗതമിന്‍റെ നേതൃത്വത്തിലാണ് അന്വേഷണം ആരംഭിച്ചത്. പിന്നീട് ഡി.വൈ.എസ്.പിമാരായ പ്രേംകുമാറും മുഹാജിറും ഇന്‍സ്പെക്ടര്‍ സി.കെ. സുഭാഷും അന്വേഷണ തലവന്മാരായി. ഇപ്പോള്‍ ഇന്‍സ്പെക്ടര്‍ വി.ടി. നന്ദകുമാറിന്‍റെ നേതൃത്വത്തിലാണ് അന്വേഷണം.
മൗലവിയെ കാവില്‍പ്പടിയിലെ വസതിയില്‍ നിന്ന് രാമനാട്ടുകരയിലെ മതപ്രഭാഷണ സ്ഥലത്തേക്കെന്ന് പറഞ്ഞ് നന്പര്‍ പ്ളേറ്റില്ലാത്ത, നീലനിറമുള്ള ജീപ്പില്‍ കൊണ്ടുപോയ വി.വി.ഹംസ സഖാഫിയെയും, അരൂരിലെ ചുവന്നകുന്നില്‍ മൃതദേഹം മറവ് ചെയ്യാന്‍ കുഴി ഒരുക്കിയ ഇല്യന്‍ ഹംസയെയും 2000 നവംബര്‍ 27ന് അറസ്റ്റു ചെയ്തു.
മൗലവിയെ ജീപ്പില്‍ വച്ച് കഴുത്തില്‍ തോര്‍ത്തുമുണ്ട് മുറുക്കി കൊലപ്പെടുത്തുന്നതിനായി ദേശീയ പാതയിലെ കൊളപ്പുറത്തുനിന്നും കോന്തിയോടന്‍ മുഹമ്മദ് കുട്ടി, തെക്കേകണ്ടി കുഞ്ഞിമരക്കാര്‍, കുന്നത്തേതില്‍ അബ്ദുള്‍ ഗഫൂര്‍ എന്നിവരോടൊപ്പം കയറിയ പി.കെ. സൈഫുദ്ദീനെ 2001 ജനുവരി 19നും പിടികൂടി.
പിന്നീട് നടന്ന അന്വേഷണത്തില്‍ കേസിലെ സുത്രധാരനായ മണ്ടാളില്‍ ഉസ്മാന്‍ മുസ്ളിയാര്‍, ജീപ്പ് ഡ്രൈവര്‍ മംഗലശ്ശേരി ബഷീര്‍, കോന്തിയോടന്‍ മുഹമ്മദ് കുട്ടി, തെക്കേകണ്ടി കുഞ്ഞിമരക്കാര്‍, കുന്നത്തേതില്‍ അബ്ദുള്‍ ഗഫൂര്‍, മുള്ളന്‍ അബ്ദുള്‍ സലാം എന്നിവര്‍ വിദേശത്തേക്ക് രക്ഷപ്പെട്ടതായി സി.ബി.ഐക്ക് വിവരം ലഭിച്ചു.
2002 ഫെബ്രുവരി 3ന് സുഭാഷിനെ മാറ്റി നന്ദകുമാറിനെ ചുമതലയേല്‍പ്പിച്ചു. നന്ദകുമാറിന്‍റെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള അന്വേഷണത്തില്‍ പുതിയ തെളിവുകളൊന്നും കണ്ടെത്താന്‍ കഴിയാതിരുന്നതിനിടയിലാണ് വിദേശത്ത് കഴിയുന്ന പ്രതികളുടെ വീടുകളില്‍ ഹൈക്കോടതി പുറപ്പെടുവിച്ച പ്രൊക്ളമേഷന്‍ നോട്ടീസ് 2002 ഒക്ടോബറില്‍ സി.ബി.ഐ പതിക്കുന്നത്.
2003 ജൂണ്‍ നാലിന് വിദേശത്തായിരുന്ന മംഗലശ്ശേരി ബഷീറും തെക്കേകണ്ടി കുഞ്ഞിമരക്കാറും ജൂലൈ നാലിന് കോന്തിയോടന്‍ മുഹമ്മദ് കുട്ടി, മുള്ളന്‍ അബ്ദുള്‍സലാം, കുന്നത്തേതില്‍ അബ്ദുള്‍ ഗഫൂര്‍ എന്നിവരും ഹൈക്കോടതിയില്‍ കീഴടങ്ങ
