കേരളത്തിലെ വിമോചന സമരം വിജയിപ്പിക്കാന്‍ അണിയറയില്‍ ശക്തമായ പ്രവര്‍ത്തനം കാഴ്ച വച്ചത് അദ്ദേഹത്തിന്‍റെ രാഷ്ട്രീയ സ്വാധീനത്തിന്‍റെ വ്യാപ്തി വെളിവാക്കി. കത്തോലിക്ക നേതൃത്വവും എന്‍‌എസ്‌എസും കേരളത്തിലെ ആദ്യ മന്ത്രി സഭയ്ക്കെതിരെ പടനീക്കം നടത്തിയെങ്കിലും ഭൂപരിഷ്കരണ നിയമത്തിന്‍റെയും വിദ്യാഭ്യാസ നിയമത്തിന്‍റെയും പേരില്‍ മന്ത്രി സഭ പിരിച്ചു വിടാന്‍ അന്നത്തെ പ്രധാനമന്ത്രി ജവാഹര്‍ലാല്‍ നെഹ്രു സമ്മതം മൂളിയില്ല.
എന്നാല്‍, 1959 ല്‍ ഇന്ദിരാഗാന്ധി കോണ്‍ഗ്രസ് പ്രസിഡന്‍റായത് ശങ്കര്‍ അനുകൂലമാക്കി. 1959 ജൂലൈ 31 ന് രാഷ്ട്രപതി 356 ആം വകുപ്പ് പ്രയോഗത്തിലാക്കി, കേരള നിയമസഭ പിരിച്ചുവിട്ടു.
ഇതിനുശേഷം 1960 ല്‍ നടന്ന തെരഞ്ഞെടുപ്പില്‍ കോണ്‍ഗ്രസ് മുന്നണി 94 സീറ്റ് നേടി-കോണ്‍ഗ്രസ് 63ഉം. ശങ്കറിനെ നിയമസഭാ കക്ഷി നേതാവായി പാര്‍ട്ടി തെരഞ്ഞെടുത്തു. ശങ്കര്‍ മുഖ്യമന്ത്രിയാവുമെന്ന് എല്ലാവരും കരുതിയ നിമിഷം, പക്ഷേ അതുണ്ടായില്ല. കോണ്‍ഗ്രസിലെ തന്നെ ഒരു പ്രത്യേക വിഭാഗം അതിനെ അനുക്കുലിച്ചില്ല.
അവസാനം, പട്ടം താണുപിള്ളയെ മുഖ്യമന്ത്രിയായി നിയമിച്ചു. പട്ടത്തിന്‍റെ സ്വേച്ഛാധിപത്യപരമായ പ്രവര്‍ത്തനങ്ങള്‍ പരിധി വിട്ടപ്പോള്‍ മുന്നണിയില്‍ വിള്ളലുകള്‍ വീണു. ജവാഹര്‍ലാലിന്‍റെ പ്രത്യേക ദൂതനായെത്തിയ ലാല്‍ ബഹദൂര്‍ ശാസ്ത്രി പട്ടത്തിന് പഞ്ചാബ് ഗവര്‍ണര്‍ സ്ഥാനം വാഗ്ദാനം ചെയ്ത് അദ്ദേഹത്തെ പാട്ടിലാക്കി. അവസാനം, അദ്ദേഹം രാജി വച്ചു.
ഇവിടെ ശങ്കര്‍ എന്ന രാഷ്ട്രീയ നേതാവിന് അവസരം ഒരുങ്ങുകയായിരുന്നു. 1962 ഒക്ടോബര്‍ ഏഴിന് ഡെപ്യൂട്ടി മുഖ്യമന്ത്രിയായിരുന്ന ശങ്കര്‍ മുഖ്യമന്ത്രിയായി സ്ഥാനമേറ്റു. എന്നാല്‍ രണ്ട് വര്‍ഷം മാത്രമേ അദ്ദേഹത്തിന് ഈ സ്ഥാനത്ത് തുടരാം കഴിഞ്ഞുള്ളൂ. 1964 സെപ്തംബര്‍ 10 ന് സഭയില്‍ അവതരിപ്പിച്ച അവിശ്വാസ പ്രമേയം പാസാവുകയും മന്ത്രി സഭ വീഴുകയും ചെയ്തു.
പിന്നീട് കൊല്ലത്ത് എസ് എന്‍ ട്രസ്റ്റുമായി ബന്ധപ്പെട്ട പ്രവര്‍ത്തനങ്ങളില്‍ മുഴുകി കഴിഞ്ഞ അദ്ദേഹം 1972 നവംബര്‍ ആറിന് ഇഹലോകവാസം വെടിഞ്ഞു.
മുഖ്യമന്ത്രിയായിരിക്കെ വിദ്യാഭ്യാസ മേഖലയില്‍ നവീന ആശയങ്ങള്‍ നടപ്പാക്കാനും സാങ്കേതിക വിദ്യാഭ്യാസത്തിന് അടിത്തറയിടാനും അദ്ദേഹത്തിന് കഴിഞ്ഞു. ഭരണകാലത്ത് അഞ്ഞൂറിലധികം സ്കൂളുകള്‍ അനുവദിച്ചു. ജൂനിയര്‍ കോളജുകള്‍ ആദ്യമായി തുടങ്ങിയതു അദ്ദേഹത്തിന്‍റെ ഭരണകാലത്തായിരുന്നു.
