ശാസ്താവിനു വേണ്ടി പണിതീര്‍ത്ത ക്ഷേത്രത്തില്‍ കായംകുളം പടിഞ്ഞാറുഭാഗത്ത് കായലില്‍ കണ്ടെത്തിയ വിഗ്രഹം പ്രതിഷ് ഠിച്ചു എന്നാണ് ഐതിഹ്യം.
വിഗ്രഹം കണ്ടെത്തിയ സ്ഥലത്തിന് കണ്ടല്ലൂര്‍ എന്നാണ് പേര്. വഞ്ചിയില്‍ കൊണ്ടുവന്ന വിഗ്രഹം കടവില്‍ അടുപ്പിച്ച് അരനാഴികനേരം കരയില്‍ ഇരുത്തി. ആ കടവിന് അരനാഴികക്കടവ് എന്ന പേരുവന്നു എന്ന് പഴമ. വിഗ്രഹം ആഘോഷപൂര്‍വം കൊണ്ടുവന്നതിനെ സ്മരിച്ചാണ് പായിപ്പാട് ജലോത്സവം.
തൃപ്പക്കൂടത്തെ ശിവന്‍ ഇവിടത്തെ സുബ്രഹ്മണ്യന്‍റെ പിതാവാണെന്നും ഒരു പുരാവൃത്തമുണ്ട്. വിഷ്ണുവിഗ്രഹം സുബ്രഹ്മണ്യനായും ശിവനായും സങ്കല്‍പിക്കാന്‍ കാരണം മൂന്ന് ആരാധക സംഘങ്ങളെയും തൃപ്തിപ്പെടുത്താന്‍ നടത്തിയ ക്രമീകരണമാകണം.
ക്ഷേത്രത്തിനു പുറത്തുള്ള വൈഷ്ണവ രാജാക്കന്മാര്‍ കേരളത്തില്‍ പ്രതിഷ്ടിക്കുന്നതിന് വിഗ്രഹങ്ങളും വൈശ്ണവ മതം പ്രചരിപ്പിക്കുന്നതിന് ബ്രാഹ്മണരെയും അയച്ചിരുന്നതായി ഊഹിക്കുന്നുണ്ട്.
ഇതുപോലെ അയയ്ക്കപ്പെട്ട വൈഷ്ണവ ഭടന്മാരാണ് ബൗദ്ധരെയും ജൈനരെയും വാദത്തില്‍ പരാജയപ്പെടുത്തിയതും കൊടുങ്ങല്ലൂര്‍ തലസ്ഥാനമാക്കി കേരളം വാണിരുന്ന കുലശേഖര രാജാവിനെ വൈഷ്ണവനാക്കിയതെന്നുമാണ് ഐതിഹ്യങ്ങള്‍.
ഈ ക്ഷേത്രത്തില്‍ പീലിവിടര്‍ത്തിയാടുന്ന മയിലിനെകണ്ടാണ് കേരള വര്‍മ്മ വലിയ കോയിത്തമ്പുരാന്‍ തന്‍റെ പ്രാണേശ്വരിക്ക് മയില്‍ മുഖെന സന്ദേശം കൊടുക്കുന്ന മയൂരസന്ദേശം രചിച്ചത്.
