പ്രധാന ഗര്‍ഭഗൃഹത്തിലെ ജ്യോതിര്‍ ലിംഗ രൂപത്തിലാണ് കൊല്ലൂര്‍ ദേവി മൂകാംബിക പൂജിതയാകുന്നത്. ശ്രീകോവിലിലെ പാനിപീഠത്തിലാണ് സുവര്‍ണ്ണ ജ്യോതിര്‍ലിംഗത്തിന്‍റെ സ്ഥാനം. ശ്രീചക്രത്തില്‍ ബ്രഹ്‌മാവ്, വിഷ്ണു, മഹേശ്വരന്‍ എന്നിവര്‍ കുടികൊള്ളുന്നതു പോലെ ജ്യോതിലിംഗത്തില്‍ ആദിശക്തി കുടികൊള്ളുന്നതായാണ് വിശ്വാസം.
ഗര്‍ഭഗൃഹത്തില്‍, പ്രകൃതി, ശക്തി, കാളി, സരസ്വതി തുടങ്ങിയ വിഗ്രഹങ്ങളും കാണാന്‍ കഴിയും. ജ്യോതിര്‍ലിംഗത്തിന്‍റെ പടിഞ്ഞാറ് ഭാഗത്ത് പ്രത്യേക എഴുന്നുള്ളത്തിനുള്ള ശ്രീദേവിയുടെ പഞ്ച ലോഹ വിഗ്രഹമുണ്ട്. ശംഖ്, ചക്രം, അഭയ ഹസ്തം എന്നിവയോടു കൂടി പദ്മാസനത്തില്‍ ഇരിക്കുന്ന ദേവീ രൂപമാണിത്.
