1938 സെപ്തംബറില് കോണ്ഗ്രസ് പ്രക്ഷോഭത്തിന്റെ പേരില് അറസ്റ്റ് ചെയ്യപ്പെട്ട് രാത്രിതന്നെ കോടതി കൂടി അദ്ദേഹത്തിനു ശിക്ഷ വിധിച്ചു - രണ്ടുകൊല്ലം കഠിനതടവും രണ്ടായിരം രൂപ പിഴയും.
മെയ് ദിനത്തെപ്പറ്റി കവിതയെഴുതി പ്രസിദ്ധീകരിച്ചതിന് 1939 മെയ് ദിനത്തില് തന്നെ തുറുങ്കിലായ സുഗതനു കിട്ടിയത് മൂന്നു വര്ഷത്തെ തടവുശിക്ഷയാണ്. 1942 ല് പുറത്തുവന്ന അദ്ദേഹം കമ്മ്യൂണിസ്റ്റ് പാര്ട്ടി അംഗമായി.
പട്ടം താണുപിള്ളയുടെ ജനാധിപത്യ സര്ക്കാരും സുഗതനെ വെറുതെ വിട്ടില്ല. 1948 മാര്ച്ച് 14 ന് അദ്ദേഹം കരുതല് തടങ്കല് നിയമപ്രകാരം അറസ്റ്റിലായി. പറവൂര് ടി.കെ മുഖ്യമന്ത്രിയായപ്പോഴും സുഗതന് തുറുങ്കില് കിടന്നു.
മൂന്നുവര്ഷത്തിനുശേഷം സി.കേശവന് മുഖ്യമന്ത്രിയായപ്പോഴാണദ്ദേഹത്തെ വിട്ടയച്ചത്. മൂന്നു മാസം കഴിയും മുന്പുതന്നെ അദ്ദേഹം ജയിലിലെത്തി.
ജയിലില് കിടന്ന് 1952 ലെ നിയമസഭാ തെരഞ്ഞെടുപ്പില് മത്സരിച്ച ആര്.സുഗതന് എം.എല്.എ ആയാണ് പുറത്തുവന്നത്. 1954 ല് വീണ്ടും തിരു-കൊച്ചി നിയമസഭയിലേക്കും 1957, 60 വര്ഷങ്ങളിലെ തെരഞ്ഞെടുപ്പുകളില് കേരള നിയമസഭയിലേക്കും അദ്ദേഹം തെരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടു.