ഇന്ത്യയിലെ ആദ്യത്തെ പാശ്ചാത്യ ദേവാലയം 504 വയസ്സ് പിന്നിടുന്നു. പടിഞ്ഞാറുനിന്ന് ഇന്ത്യയിലെത്തിയ പോര്‍ച്ചുഗീസ് കച്ചവട സംഘത്തോടൊപ്പം വന്ന ഫ്രാന്‍സിസ്കന്‍ പാതിരികള്‍ നിര്‍മ്മിച്ച ഫോര്‍ട്ട് കൊച്ചിയിലെ സെന്‍റ് ഫ്രാന്‍സിസ് ദേവാലയം 2003 ല്‍ അഞ്ഞൂറ് വയസ്സ് പിന്നിട്ടു
1503 ലാണ് ഈ പള്ളിയില്‍ ആരാധന തുടങ്ങയത്. 2003ല്‍പള്ളിയില്‍ അഞ്ഞൂറാമത് കരോള്‍ നടന്നപ്പോല്‍ . പള്ളിയിലെ ഗായകസംഘത്തിന് ഇന്ത്യന്‍ നേവിയാണ് പിന്നണി നല്‍കിയത് .
1516 ല്‍ കല്ലുകൊണ്ട് പണിത പള്ളി 1663 വരെ ഫ്രാന്‍സിസ്കന്‍ സഭയുടെ കീഴില്‍ പ്രവര്‍ത്തിച്ചു. 1663 നു ശേഷം കൊച്ചി ഡച്ചുകാരുടെ അധീനതയിലായതിനെത്തുടര്‍ന്ന് പള്ളി പുതുക്കിപ്പണിത് പ്രൊട്ടസ്റ്റന്‍റ് ദേവാലയമാക്കി മാറ്റി.
പള്ളി മുഖപ്പിലെ ശിലാഫലകത്തിലെ കണക്കുപ്രകാരം 1779 ല്‍ പള്ളി പുതുക്കിപ്പണിതു. 1795 ല്‍ കൊച്ചി ബ്രിട്ടീഷ് അധീനതയിലായെങ്കിലും 1804 വരെ പള്ളി ഡച്ച് അധീനതയില്‍ കഴിഞ്ഞു.19-ാം ശതകത്തിന്‍റെ അന്ത്യപാദത്തില്‍ പള്ളി വീണ്ടും സെന്‍റ് ഫ്രാന്‍സിസിന്‍റെ നാമധേയത്തിലായിത്തീര്‍ന്നു. പള്ളി ഇപ്പോള്‍ സി.എസ്.ഐയുടെ കീഴിലാണ്.
ഇന്ത്യയില്‍ ആദ്യമായി കാലുകുത്തിയ പോര്‍ച്ചുഗീസ് നാവികമേധാവി വാസ്കോഡിഗാമയുടെ ഭൗതികാവശിഷ്ടം 1524 ല്‍ ഈ പള്ളിയില്‍ അടക്കം ചെയ്തു. 1538 ല്‍ ഭൗതികാവശിഷ്ടങ്ങള്‍ പോര്‍ച്ചുഗീസിലേക്ക് കൊണ്ടുപോയി.
പള്ളിക്കുള്ളിലെ വിശാലമായ ശാലയില്‍ മറവു ചെയ്ത പോര്‍ച്ചുഗീസുകാരുടേയും ഡച്ചുകാരുടെയും ശവസംസ്കാരശിലകള്‍ ഇളക്കി ഭിത്തികളിലാക്കി ക്രമത്തില്‍ പതിച്ചിട്ടുണ്ട്. ഇതില്‍ ഏറ്റവും പഴക്കമുള്ള പോര്‍ച്ചുഗീസ് സ്മാരകശില 1562 ലേതും ഡച്ചുകാരുടേത് 1664 ലേതുമാണ്.
ഇവയില്‍ ചില സ്മാരകശിലകളിലെ വംശസൂചകമായ ആലേഖനങ്ങളും പദവികളെ സൂചിപ്പിക്കുന്ന ചിഹ്നങ്ങളും ശില്പസൗന്ദര്യം പ്രകാശിപ്പിക്കുന്നവയാണ്. ഈ ദേവാലയത്തില്‍ സേവനം അനുഷ്ഠിച്ചവരില്‍ പ്രമാണിമാരുടെ വിവരങ്ങള്‍ അടങ്ങിയ വെങ്കലത്തിലും മാര്‍ബിളിലുമുള്ള ഫലകങ്ങളും പള്ളിയുടെ ഭിത്തിയില്‍ അലങ്കരിച്ചിട്ടുണ്ട്.
