കൊല്ലവര്‍ഷം 225-ല്‍ (എ.ഡി. 1050) തൃപ്പാപ്പൂര്‍ മൂപ്പില്‍പെട്ട രാജാവാണ് ക്ഷേത്രം പുതുക്കിപ്പണിയിച്ചതും യോഗക്കാരുള്‍പ്പെട്ട ഭരണഘടനയെ പരിഷ്കരിച്ചതും. 13-ാം നൂറ്റാണ്ടില്‍ ഉണ്ടായിട്ടുള്ളതെന്നു കരുതുന്ന "അനന്തപുരവര്‍ണ്ണനം' എന്ന ഗ്രന്ഥത്തില്‍ അനന്തപുരക്ഷേത്രത്തെക്കുറിച്ചുള്ള പഴയ വിവരങ്ങള്‍ ലഭിക്കുന്നുണ്ട്.
എ.ഡി. 1461-ല്‍ ക്ഷേത്രം പുതുക്കി പണിതീരുന്നു. പിന്നീട് യോഗക്കാരുടെ ഉരസല്‍ മൂലമോ, എട്ടുവീട്ടില്‍ പിള്ളമാരുടെ വിലസല്‍മൂലമോ ആദിത്യവര്‍മ്മന്‍റെ കാലത്ത് (1673-1677) ക്ഷേത്രം അഞ്ചുവര്‍ഷത്തോളം പൂജയില്ലാതെ പൂട്ടിയിട്ടു. ഉമയമ്മറാണിയാണ് 1677-ല്‍ ക്ഷേത്രം തുറപ്പിച്ച് എഴുന്നുള്ളിപ്പ് നടത്തിയത്. 1686-ല്‍ തീപ്പിടുത്തത്തില്‍ ക്ഷേത്രം വെന്തു വെണ്ണീറാകുകയും ചെയ്തു. 38 വര്‍ഷങ്ങള്‍ക്കുശേഷം 1724-ലാണ് പിന്നീട് ക്ഷേത്രംപണി ആരംഭിച്ചത്. 1728-ലായിരുന്നു ദാനപ്രായശ്ഛിത്തം.
അതിനടുത്ത വര്‍ഷമാണ് (1729-ല്‍) പ്രസിദ്ധനായ മാര്‍ത്താണ്ഡവര്‍മ്മ സിംഹാസനാരോഹണം ചെയ്യുന്നത്. 1731-ല്‍ ക്ഷേത്രം പണി പൂര്‍ത്തിയായി. ആ സമയത്താണ് ഇപ്പോഴത്തെ അനന്തപത്മനാഭന്‍ പ്രതിഷ്ഠിക്കപ്പെട്ടത്. ശ്രീബലിപ്പുര പണിയാന്‍ നാലായിരം കല്ലാശാരിമാരും , ആറായിരം കൂലിക്കാരും, 100 ആനകളും ഏഴുമാസം പണിയെടുത്തു എന്നാണ് കണക്ക്. 1566-ല്‍ അടിസ്ഥാനമിട്ട കിഴക്കെ ഗോപുരവും മാര്‍ത്താണ്ഡവര്‍മ്മയുടെ കാലത്താണ് അഞ്ചുനിലവരെ പണിതുയര്‍ത്തിയത്.
1729 മുതല്‍ 1758 വരെ വാണ തിരുവിതാംകൂറിന്‍റെ ശില്പി അനിഴം തിരുനാള്‍ മാര്‍ത്താണ്ഡവര്‍മ്മയുടെ നിര്‍ദ്ദേശമനുസരിച്ച് 1736-ല്‍ പള്ളിയാടി കണക്കുമല്ലന്‍ ശങ്കരന്‍ കണ്ടെഴുത്തു നടത്തി. ഈ കണ്ടെഴുത്തോടെയാണ് യോഗക്കാരായ പോറ്റിമാര്‍ക്ക് പത്മനാഭസ്വാമി ക്ഷേത്രത്തില്‍ അധികാരം നഷ്ടപ്പെട്ടതെന്നു കരുതുന്നു.
1923 മകരം 5-ന് രാജ്യം പത്മനാഭന് തൃപ്പടിദാനം ചെയ്തു. ദാനപ്രമാണവും ഉടവാളും ക്ഷേത്രത്തിന്‍റെ തൃപ്പടിയില്‍ വെച്ചു. അതിനുശേഷം ഉടവാളെടുത്ത് പത്മനാഭദാസന്‍ എന്ന സ്ഥാനപ്പേരോടെയാണ് മാര്‍ത്താണ്ഡവര്‍മ്മ രാജഭരണം തുടങ്ങിയത്. പാപപരിഹാരത്തിനും, ഈശ്വാരനുഗ്രഹത്തിനും വേണ്ടിയായിരുന്നു തൃപ്പടിദാനം.
