നിവേദനവും സത്യഗ്രഹവും ജയില് നിറയ്ക്കലും മാത്രമുള്ള കോണ്ഗ്രസ് പ്രക്ഷോഭങ്ങളില് മനം മടുത്ത ഷേണായി കമ്മ്യൂണിസത്തിലേക്കു മാറാന് കിട്ടിയ ആദ്യ അവസരം തന്നെ പ്രയോജനപ്പെടുത്തുകയായിരുന്നു.
1940 സെപ്റ്റംബര് 15 ന് നടന്ന ഐതിഹാസികമായ മൊറാഴ സംഭവത്തില് കെ.പി.ആര്. ഗോപാലന്, അറാക്കല് കുഞ്ഞിരാമന്, വിഷ്ണൂ ഭാരതീയന് എന്നിവരോടൊപ്പം സുബ്രഹ്മണ്യ ഷേണായിയും പ്രതിയായിരുന്നു.
തുടര്ന്ന് ഒളിവില് പോയ ഷേണായി 1946 ലാണ് പിന്നെ വെളിച്ചത്ത് വരുന്നത്. ഇതിനിടെ അറസ്റ്റിലായ സി. അച്യുതമേനോനു പകരം കൊച്ചിയില് പാര്ട്ടിയുടെ ചുമതല വഹിക്കുന്നുണ്ടയിരുന്നു. ഭാസ്കരന് മാഷ് എന്ന പേരിലായിരുന്നു അന്നത്തെ പ്രവര്ത്തനം.
1947 ഓഗസ്റ്റ് 15 ന് പയ്യന്നൂരില് പ്രസംഗിച്ചുകൊണ്ടിരിക്കുമ്പോള് ഷേണായി അറസ്റ്റിലായി. വന് പ്രതിഷേധം വിളിച്ചു വരുത്തിയ സംഭവമായിരുന്നു അത്. 1952 ലെ പൊതുതെരഞ്ഞെടുപ്പിനോടനുബന്ധിച്ചാണ് അദ്ദേഹം ജയില് മോചിതനായത്.
25 വര്ഷം പയ്യന്നൂര് പഞ്ചായത്ത് പ്രസിഡന്റായിരുന്നു സുബ്രഹ്മണ്യ ഷേണായി. ഇപ്പോള് അദ്ദേഹത്തിന്റെ മകള് എസ്. ജ്യോതി പയ്യന്നൂര് മുനിസിപ്പല് ചെയര്പേഴ്സണ് ആണ്. രണ്ടു തവണ ഷേണായി പയ്യന്നൂരിനെ പ്രതിനിധീകരിച്ച് നിയമസഭയിലും എത്തി.